El Instituto Geográfico Nacional tiene la siguiente estructura orgánica:

A. ALTA DIRECCIÓN
Jefatura
Sub Jefatura
B. ÓRGANO CONSULTIVO
Consejo Consultivo
C. ÓRGANO DE CONTROL
Órgano de Control Institucional
D. ÓRGANO DE ASESORAMIENTO
Oficina General de Planificación y Presupuesto
Oficina de Asesoría Jurídica
E. ÓRGANO DE APOYO
Oficina General de Administración
Oficina General de Estadística e Informática
Oficina General de Registro y Archivo
F. ÓRGANOS DE LÍNEA
Dirección General de Geografía
Dirección General de Cartografía
G. ÓRGANOS DESCONCENTRADOS
Escuela Cartográfica
Direcciones Regionales.